Los organismos directivos de la Asociación son: la Asamblea General y la Junta Directiva.

La Asamblea General de la Asociación estará constituida por el representante de cada una de las unidades académicas o programas de las instituciones afiliadas, quienes actuarán a través de: los miembros de la Junta Directiva, delegados oficiales de las instituciones que representan y el decano, director de programa o coordinador de las facultades de fonoaudiología de cada una de las instituciones afiliadas, o su representante, en calidad de delegado oficial.

Por otro lado, la Junta Directiva de la Asociación está integrada por los siguientes miembros: un presidente, un vicepresidente, un secretario general, un tesorero y un fiscal. Los miembros de la Junta Directiva serán elegidos entre los delegados oficiales de las instituciones miembros que se encuentren a paz y salvo por todo concepto con la Asociación y no hayan incurrido en sanciones escritas por parte de la Asociación, que para la fecha se encuentren vigentes.